Krajina v okolí dnešních Pardubic nebyla v době, kdy se začala
soustavněji osídlovat, příliš přívětivá. Z velké části byla pokrytá lesy,
močály a bažinami. Protékaly jí řeky, které často měnily svá koryta a do kraje
přinášely četné záplavy. Tyto nepříznivé podmínky brzdily kolonizaci, kterou
prováděli jednak olomoucký biskup a opatovický klášter, jednak členové různých
šlechtických rodů. Prof. J. V. Šimák ve svém díle o středověké kolonizaci
pokládá za nejstaršího držitele území v okolí Pardubic Kojatu z Mostu (+1227) z
rodu Hrabišiců, po němž - podle téhož autora - drželi pardubickou tvrz a později
ves jeho dědici, páni ze Zebína. Tato tvrz byla postavena někdy na konci 13.století
při stezce, která spojovala významná centra východních Čech Chrudim a Hradec
Králové. Tvrz stála na mírně vyvýšeném místě při řece Chrudimce, nedaleko od
brodu přes Labe, který chránila. Protože rod pánů ze Zebína byl štědrým
podporovatelem cyriackého řádu, lze o něm předpokládat, že byl také zakladatelem
jeho kláštera, postaveného nedaleko od této tvrze.
Poprvé se klášter řádu cyriaků s chrámem sv. Bartoloměje v Pardubicích připomíná v bule papeže Bonifáce VIII. z r.1295. Prvním známým držitelem pardubické tvrze byl Půta z Pardubic, pocházející z rodu Hronoviců, poprvé připomínaný k r.1318, kdy zastával úřad zemského soudce. Jeho synové Hynek, zvaný Hajman z Náchoda, a Hynek, nazývaný také Crha z Dubé, směnili s Arnoštem z Hostyně někdy v l. 1327 až 1330 Pardubice za hrad Vízmburk.
Arnošt z Hostyně patřil ke strému českému rodu, jehož prvním historicky zjištěným členem byl Držislav, působící v l. 1266 - 1269 jako zemský sudí. Arnošt z Hostyně začal pravděpodobně v době, kdy byl královským purkrabím v Kladsku, kupoval statky na Hradecku. Hostyňské panství držel společně se svým bratrem Jetřichem, a i když mu svou část postoupil, psal se v následujících letech z Hostyně. Až do své smrti (+1342) vlastnil také hrad Starou (dnešní Staré Hamry u Libáně) i s městem a pardubické panství, od kterého r.1332 oddělil Pardubičky, které společně s manželkou věnovali pardubickým cyriakům.
Arnošt z Hostyně a ze Staré byl králem Janem Lucemburským povýšen do panského stavu, a je proto velmi pravděpodobné, že svůj společenský vzestup chtěl dovršit přestavbou tvrze a zvelebením Pardubic. V této činnosti pak pokračovali i jeho synové, zejména Arnošt z Pardubic, pozdější pražský arcibiskup, jehož také jmenoval v závěti pardubického panství. To tvořila tvrz Pardubice s novým městem a vsi Ostřešany, Bukovina, Černá za Bory, Lhota Rybářská a Lhota u Přívozu.
V závěti Arnošta z Hostyně a ze Staré jsou poprvé svým významem i rozlohou menším městečkem bez hradeb. Po své vrchnosti převzaly do městského znaku půl bílého koně na červeném poli. Erbovní pověst, která je se znakem spojována, je podle návrhu M. Alše zobrazena na předbraní Zelné věže. Za zakladatele rodu udává Ješka z Pardubic, který r.1158 při obléhání Milána unikl z nepřátelského obklíčení, ačkoliv mu byl spuštěnou mříží v hradbách přepůlen kůň.
Arnošt z Pardubic (okolo 1310-1364), pražský arcibiskup, diplomat a rádce Karla IV. se o rozkvět Pardubic bedlivě staral. Pro potřebu rozrůstajícího se města založil před r.1359 kostel Zvěstování Panny Marie a ještě o dva roky dříve dosáhl od krále potvrzení práva k vybírání cla u brodu přes Labe a poplatku ze dřeva plaveného po řece. Předpokládá se, že do této doby také spadá dokončení přestavby původní tvrze v důstojnější sídlo, které v r.1363 hostila krále Karla IV. Zda přestavba byla tak výrazná, že se tvrz změnila v hrádek, hrad nebo vodní hrad, je dodnes obtížné určit.
Arnošt z Pardubic sám sice v Pardubicích časem pobýval, ale přímou správu panství svěřil svým mladším bratrům. Pardubický statek spravoval Smil a po jeho smrti v r.1359 nejmladší z bratří Vilém (+1390), který do té doby držel statek Starou. O příjmy z obou panství se však musel dělit se Vznatou ze Skuhrova, který byl snad Smilovým zetěm. Proto také po smrti bezdětného Vznaty v r.1384 připadla jeho práva na těchto statcích jako odúmrť králi Václavu IV.
Soudní spor Viléma a jeho syna Smila Flašky s králem dopadl v jejich neprospěch a to zřejmě zanechalo v mladém Smilu Flaškovi tak trpké vzpomínky, že byly příčinou jeho nepřátelského postoje vůči králi. I když pak již Pardubice Smilu Flaškovi, pozdějšímu slavnému básníkovi a autorovi Nové rady, Rady otce synovi a Sbírky českých přísloví a pořekadel, nepatřily, užíval i později přídomku z Pardubic.
Vznatova práva se na Pardubicku vztahovala na Pardubice, tvrz a nové město s poplužním dvorem, vsi Bukovinu, Lhotu Rybářskou, Lhotu u Přívozu, Dražkovice, poplužní dvůr v Mikulovicích, Staré Jesenčany, Přerov a clo na Labi. V r.1385 postoupil král tento majetek Janu Střelovi a Přibíkovi ze Skořetína. V r.1387 došlo k vyrovnání, na jehož základě Jan Střela s Přibíkem ze Skořetína získal pardubické panství a -Vilémovi spolu se synem Smilem Flaškou připadlo panství Stará a na Pardubicku jen Mikulovice, poplužní dvůr v Dražkově, Staré Jesenčany, Pardubičky, Černá za Bory, Nemošice a část Ostřešan, které pak jejich potomci vlastnili jako součást rychmburského panství.
Kdy od Jana střely a Přibíka ze Skořetína získal Pardubice Hanuš z Mühlheimu, dvořan krále Václava IV. a jeden ze zakladatelů Betlémské kaple v Praze, jejímuž kazateli přikázal plat ze vsi Přerova u Pardubic, není známo. Rovněž není známo, komu patřily Pardubice po jeho smrti.
Na počátku husitských válek však byli již jejich majiteli bratři Viktorin a Boček z Kunštátu a Poděbrad, z nichž první byl otcem pozdějšího krále Jiřího z Poděbrad. Viktorin sídlil původně na hradě Liticích a teprve okolo r.1420 si zvolil za své trvalé sídlo Pardubice. To, že Viktorin a Boček z Kunštátu a Poděbrad byli přívrženci husitů, uchránilo zřejmě Pardubice při Žižkově tažení do východních Čech v r.1421 od pohromy, která stihla majetky katolických vrchností. V Pardubicích byl vypálen jen cyriacký klášter a kostel sv. Bartoloměje. Nedaleké Pardubičky, majetek katolického pána Arnošta Flašky z Pardubic a Rychmburka, byly pravděpodobně i s tamním kostelem sv. Jiljí vypáleny.
Po smrti Viktorina z Kunštátu v r.1427 byl majitelem Pardubic Jan Hlaváč z Ronova a Mitrova, který je okolo r.1435 prodal Divišovi Bořkovi z Miletínka, držícímu v té době i nedaleký hrad Kunětickou Horu.
V rukou Diviše Bořka z Miletínka se poprvé spojilo kunětickohoské a pardubické panství v jeden celek. K jeho opětnému rozdělení došlo hned po smrti Diviše Bořka z Miletínka v r.1437, kdy kunětickohorské panství zdědil jeho syn Soběslav a pardubické panství Divišův bratr Vaněk z Miletínka. Vaněk z Miletínka (+ před 1462) zanechal pardubické panství svým synům, z nichž starší Diviš z Miletínka záhy zemřel a na Pardubicích proto hospodařil v l. 1462-1492 druhý syn Jiří Pardubický z Miletínka sám.
Od r.1464 byl majitelem Kunětické Hory král Jiří z Poděbrad a po něm
jeho synové. Není proto divu, že vedle královského a pak knížecího hradu ztrácelo
město Pardubice na svém významu, zejména když se jeho majitel Jiří Pardubický z
Miletínka zadlužil natolik, že mu na Pardubicích zůstalo jen dědické právo.
Koncem 15.století projevil o Pardubicko zájem Vilém z Pernštejna a na Helfenštejně. Dne 8.ledna 1491 byla uzavřena první smlouva o Kunětickou Horu a panství, které k ní příslušelo. další složitá jednání byla ukončena 8.června 1491 smlouvou o dvůr v Hostovicích, v níž se Jindřich starší z Minsterberka také smluvně vzdal všech svých práv k pardubickému panství, která měl potvrzena deskami a která získal od Jiřího Pardubského z Miletínka a Baltazara Mrzáka z Miletínka. Dne 10.června 1491 uzavřel Vilém z Pernštejna smlouvu o koupi Pardubic s Jiříkem Pardubským z Miletínka a jeho největším věřitelem Zdeslavem Jeníkem z Mečkova a na Uhersku.
Cílevědomým přikupováním statků, městeček a vesnic Vilém z Pernštejna neustále rozšiřoval a sceloval panství, které se skládalo ze 6 městeček a 130 vesnic a v němž bylo opět spojeno, a to již natrvalo, bývalé panství kunětickohorské a pardubické.
Vilém z Pernštejna a Helfenštejně (+1521) patřil k vynikajícím postavám své doby a proslul jako výborný hospodář. Bohatstvím patřil vedle jihočeských Rožmberků k nejmocnějším osobnostem v zemi. Projevoval velkou náboženskou snášenlivost. Přestože byl katolík, měl za manželku Johanku z Libic, členku jednoty bratrské, a v Pardubicích nechal působit početný bratrský sbor.
Své panství změnil Vilém z Pernštejna ve velké staveniště. Nejdřív začal přestavovat hrad na Kunětické hoře, ale protože centrum nového panství se staly Pardubice, kam také přesídlil, soustředil svou péči především na ně. Značným nákladem začal přestavovat bývalou tvrz v reprezentační sídlo, do jehož systému opevnění zapojil také město. Pardubice postihl v r.1507 velká požár, takže jejich obnova mohla probíhat podle stanoveného plánu. Nové patrové domy z kamene stavěla vrchnost ze dvou třetin na svůj náklad. Mistr Pavel, který řídil stavební práce, vnášel do výstavby pozdně gotického městského prostředí nové renesanční prvky, a to hlavně tím, že spojoval dvě sousední úzké gotické parcely v jednu větší, na níž pak budoval rozložitý předrenesanční dům. Obnova města byla dokončena zhruba v r.1515.
V průběhu výstavby města byl opraven farní kostel Zvěstování Panny Marie, r.1510 postaven nový kostel sv. Jana Křtitele se hřbitovem, r.1509 špitál pro chudé. V l. 1514 až 1519 byl znovu obnoven zničený cyriacký chrám sv. Bartoloměje.
Město dostalo mnohé výstavby, včetně městského zřízení z r.1512, které způsobilo příliv nových měšťanů a řemeslníků.
Pernštejnské přestavby, ať již se týkaly města nebo sídla vrchnosti, probíhaly v podstatě ve dvou etapách. První za vlády Viléma z Pernštejna v l. 1491-1521 ve slohu pozdně gotickém a druhá za jeho synů Vojtěcha a Jana v l. 1521-1548 již ve slohu renesančním.
I když na pardubickém zámku byl prováděn stavebně historický průzkum, jsou znalosti o jeho stavebním vývoji zatím ještě omezené, zvláště pro období před r.1491. Podle nadměrné silného zdiva hlásky a části k ní přilehající budovy v západním křídle dnešního zámku se předpokládá, že původní tvrz stávala právě v těchto místech. Jejím jádrem byla čtverhranná věž, jejíž strana měřila asi 9m. Na jihu se k ní napojovalo o něco širší obdélné obytné křídlo, vysunuté směrem k západu o něco širší obdélné obytné křídlo, vysunuté směrem k západu o šířku původní pavlače, kterou později nahradila renesanční arkáda. Po předpokládané přestavbě v době Arnošta ze Staré a jeho dědiců se bývalá tvrz jistě změnila. Její podobu, charakter ani opevnění nelze dnes již prokázat, zvláště když přístavbami Viléma z Pernštejna byla včleněna do nově vznikajícího sídla pánů z Pernštejna. Za něho byla k těmto původním objektům přistavěna na jihu a na severu dvě příčná křídla a zbývající místo zaplnila a uzavřela na východní straně hradební zeď, čímž vlastně vznikl nový obdélníkový prostor. Severní křídlo mělo na obou nárožích, podobně jako jižní křídlo na severozápadním nároží, čtverhranné věžice postavené nakoso. Poslední, čtvrté nároží, bylo ukončeno čtyřhranným arkýřem.
Po provedení těchto úprav se ukázalo, že dvě obytná křídla nárokům stavebníka nebudou stačit, a bylo proto rozhodnuto, že k východní zdi dvora, která obě křídla spojovala, bude postaveno křídlo třetí. Jeho přízemí bylo rozděleno na šest místností, z nichž obě krajní mají doposud původní klenbu. V severní části tohoto křídla je kaple sv. Tří králů, která zaplnila prostor přízemí a prvního patra. Vchází se do ní nádvoří po několika stupních hrotitým portálkem. Její žebrová klenba se opírá o středový pilíř, na kterém je uchycena panská tribuna, zpřístupněná z prvního patra paláce. Druhá místnost, čtvercová komora, leží na opačném okraji téhož křídla. Na svornících v obou těchto místnostech jsou vytesány znaky Viléma z Pernštejna a v kapli i jeho manželky Johanky.
Od této stavební fáze se již odlišuje dvorní arkáda předsunutá tomuto východnímu křídlu zámku. Její stavitel byl také autorem oken velkých sálů v prvním patře jižního a východního křídla. Pro tuto druhou stavební fázi je zvlášť typický portál, který spojuje sál v prvním patře východního křídla s velkou síní v křídle jižním.
Do budovy zámku se vstupovalo severním křídlem, z něhož se z tohoto údobí zachovalo celé přízemí s průjezdem a dvěma velkými pozdě gotickými sály po obou stranách. Sály mají shodně křížové klenby, které se opírají o středové osmiboké pilíře. Gotický sál po pravé straně průjezdu je osvětlován úzkými okénky z malého dvora, který zde zbyl po přístavbě nízké přízemní budovy na severozápadním nároží zámku. Zdá se, že v tomto severním křídle dovedl Vilém z Pernštejna stavbu až do druhého patra, jak to dokládá zlacený nápis na římse druhého patra nárožní věže: Vilém, vojvoda z Pernštejna. Když došlo k nástavbě druhého patra, muselo se zdivo levného gotického sálu zesílit z původních dvou na čtyři metry, a proto se také posunula i původní gotická okna tohoto sálu a vznikly hluboké výklenky. V době, kdy se zesilovalo zdivo gotického sálu a nárožní věže, došlo také k úpravě vstupu do budovy zámku. Průjezd byl ve své přední části prodloužen o předbraní, zaklenuté křížovou žebravou klenbou s kolčím štítkem a pernštejnským znakem ve svorníku.
Celá tato hlavní obytná část hradního areálu byla chráněna příkopem s padacím mostem, přes který se přecházelo do druhé nádvoří předhradí, jež bylo ve tvaru lomeného písmene U obklopeno hospodářskými, provozními a výrobními budovami.
Hradní areál společně s předhradím byl obehnán mohutným opevněním. Vnitřní hrad a patrně i předhradí byli obtočeny úzkým parkánem, který uzavírala hradební zeď, za níž následoval oboustranně vyzděný příkop. Tento příkop byl rovněž ukončen zdí, za níž se nad druhým parkánem zvedal val, nasypaný z hlíny a zpevněný drnem. Na vrcholu valu byla dostatečná plošina pro postavení děl. Poprsník, který ukončoval vrchol valu, byl vně chráněn palisádou. Nároží sypaného valu se rozšiřovala ve čtyři veliké okrouhlé bašty. Vně tohoto valu opět probíhala ulička parkánu, uzavřená kamennou zdí, ve které byly proraženy klíčové střílny. Za touto zdí pak byl již jen široký vodní příkop.
Mohutný val opevnění byl přerušen pouze v jednom místě, kde do něho
bylo vestavěno širší stavení třetí brány, zvané Labská. Hrotitý oblouk této
brány i postranní branku uzavíral padací most, který po spuštění navazoval na
dřevěný most, spojující hrad s městem. Nad vchodem do této brány dal v r.1511
Vilém z Pernštejna vložit votivní desku se znaky pánů z Pernštejna, Lomnice,
Šternberka a Vartemberka.
Spojení mezi městem a hradem umožňovala přes vodní příkop zmíněný dřevěný most, jehož konec - již na území města - chránil barbakán obklopený hradbami o trojúhelníkovém půdorysu. Výstup z dřevěného mostu chránila věžová brána. V l. 1804-1805 byl tento dřevěný most nahrazen sypanou hrází, jejíž koruna byla vydlážděná v přístupovou cestu. Z barbakánu se zachovala celá vstupní část, která příčnou zdí odděluje město od areálu zámku. Tato příčná zeď byla poražena hrotitým vjezdem, nad nímž byl umístěn pernštejnský znak. Oba menší portálky po stranách jsou již novější. Zeď byla ukončena atikou, pod níž jsou umístěna slepá obdélníková okna a tři výklenky se záclonovými oblouky. Brána i s barbakánem byly postaveny v r.1515.
K obvodovým zdem barbakánu byly v průběhu let postupně přistavovány hospodářské budovy, z nichž většina patřila ještě do 16.století. Sýpka byla upravována v 18.století a v 60.letech 20.století. Kašna na nádvoříčku byla vystavěna počátkem 19.století.
Důležitou součástí opevnění Pardubic byla voda, která chránila již původní tvrz. Na východě ji obtékala Chrudimka a na severu a západě ji chránilo četnými bočními rameny Labe. Při výstavbě pernštejnského opevnění již nebylo možné ponechat zavodňování příkopů náhodě, ale bylo nutné mít možnost je podle potřeby regulovat. Proto vznikla soustava kanálů, nádrží a rybníků, zpevňovaných kamennými hrázemi, které zachycovaly přebytečnou vodu a odváděly ji tam, kde ji bylo možné ještě dále využít.
Hradní a městské příkopy byly zavodňovány vodou z Chrudimky. Základem vodní sítě ve městě se stala Strouha, vybudovaná v r.1501, která vodu z Chrudimky vedla podél Bílé brány ke kostelu sv. Bartoloměje, kde se jí napouštěl hradní vodní příkop a kde ústila do městské říčky, obtékající v oblouku celé město.
Ve výstavbě opevnění Pardubic se projevily severoněmecké formy pozdní gotiky a rané renesance a zařadily je tak do okruhu staveb severoněmeckých, nizozemských a polských. K jedinečností Pardubic přispělo, že tento typ opevnění nebyl v dalších letech modernizován a zůstal ve svém torzu zachován až po naše dny.
Podle D. Menclové byla stavba pardubického pevnosti mezníkem, který uzavřel určitou vývojovou etapu v historií feudálního sídla. V tomto stadiu nebylo možno o pernštejnského sídle již říci, že je ještě hradem, ale také je ještě nebylo možno nazývat zámkem.
Vilém z Pernštejna zemřel v r.1521 a byl pohřben v moravském Dubrovníku. Svá četná panství rozdělil mezi syny již v r.1507. Starší z nich Jan z Pernštejna získal panství na Moravě, mladšímu Vojtěchovi z Pernštejna připadla panství v Čechách, a to Pardubice, Kunětická Hora, Litice, Potštejn, Rychnov nad Kněžnou, Brandýs nad Orlicí, Lanšperk a Lanškroun. Po otcově smrti k nim ještě připojil Hlubokou nad Vltavou.
Vojtěch z Pernštejna (+1534) byl v l. 1514-1523 a pak 1529-1534 nejvyšším hofmistrem Českého království a od r.1528 také hejtmanem Chrudimského kraje. V r.1526 byl jedním z kandidátů na český trůn.
Vojtěch z Pernštejna ovlivnil nově vytvořenou podobu města i zámku tím, že povolal italské umělce a jeho zásluhou se staly Pardubice střediskem italské renesance u nás. Z jeho vlády pochází zámecká freska Samsona a Dalila (1532), prozrazující severoitalské vlivy. Pochován byl v chrámu sv. Bartoloměje v Pardubicích, kde mu jeho druhá manželka Johanka z Vartemberka dala zřídit bohatě zdobený náhrobek před hlavním oltářem. Protože Vojtěch z Pernštejna zemřel bezdětný, zdědil pardubické panství jeho bratr Jan z Pernštejna, pro své bohatství nazývaný Bohatý.
Za Jana z Pernštejna (+1548) došlo k vyvrcholení pernštejnské éry na Pardubicku. Jan z Pernštejna byl v letech 1506-1516 a 1520-1523 nejvyšším moravským komorníkem a v l. 1515-1519, 1526-1528 a 1530-1532 zemským hejtmanem moravského markrabství.
Do výstavby města byl nucen zasáhnout po požáru v r.1538, který ušetřil pouze sedm domů a způsobil, že Pardubice bylo třeba od základů nově stavět. Jan z Pernštejna sám stanovil zásady, podle nichž se nová výstavba řídila. Dohled nad ní svěřil svému staviteli Jiříkovi z Olomouce a žádný z pardubických měšťanů nesměl podniknout nic, pokud záměr nebyl schválen a stavba vyměřena mistrem Jiříkem. Pod vedením mistra Jiříka dostaly domy pardubického náměstí vesměs dvě patra. Jednotné také byla řešena průčelí a atiky domů tak, jak určil majitel města. Ten také dal přestavět chrám sv. Bartoloměje a na gotickém základě mistra Pavla z Pardubic obnovit požárem poškozenou Zelnou věž.
Oba bratři a zvlášť pak Jan pokračovali také ve výstavbě zámku. Za nich byl v severním křídle budovy prodloužen na obě strany průjezd. Dále bylo dokončeno předsunuté vstupní křídlo, do kterého byl v r.1541 zasazen renesanční portál z jemného žlutého pískovce, jehož vytesání bylo ukončeno již v r.1529. K tomuto portálu byl namísto dřevěného padacího mostu přistavěn v r.1541 kamenný most a jeho postranní zídka byla vyzdobena reliéfy s rostlinnými a figurálními motivy.
Tato severní vstupní křídlo bylo dále doplněno o přízemní trakt s nárožním arkýřem, který byl původně přepažen, takže tvořil vlastně dvě místnosti. Tento objekt spojovala se západním křídlem hradba, za níž tu vznikl úzký dvorek.
Současně byly ostatní místnosti vybavovány novými goticko-renesančními portály i okny a budova byla na nárožích opatřena třemi nízkými rondely, z nichž vycházela parkánová zeď. Ta před jižním křídlem oba rondely spojila a obdobně pokračovala na východní a západní straně v místech, kde zůstal volný prostor, nevyplněný při stavbě jednotlivých křídel zámku. Zde se vytvořily menší dvorky.
Výstavba druhého patra budovy byla v této době dokončena a severní a východní straně. K vnitřním úpravám tohoto stavebního období patřila bohatá malířská výzdoba, jejíž zbytky jsou patrny v sálech i na chodbě v prvním a druhém patře východního křídla.
Po smrti Jana z Pernštejna v r.1548 se stal držitelem pardubického
panství jeho nejstarší syn Jaroslav z Pernštejna (+1569), který na rozdíl od svých
předchůdců byl nucen k větší šetrnosti, i když nakonec statky zatížené dluhy
neudržel a musel je rozprodávat. Vážným zájemcem se stal především král
Ferdinand I., v němž návštěva Pardubic v r.1539 zanechala hluboký dojem. Po dlouhém
jednání koupil v březnu r.1560 pardubické panství jeho syn Maxmilián, od r.1564
český král. Pardubické panství se tak stalo majetkem královské komory, jejíž
součástí zůstalo až do r.1856.
K dalším úpravám zámku došlo až ve druhé polovině 16.století, tedy v době, kdy již patřil královské komoře. Stavební úpravy byly prováděny za účasti císařského stavitele Ulrika Aostalliho v l. 1574-1579. Především bylo dokončeno druhé patro západního a jižního křídla a arkádová lodžie při západním křídle, jimiž se nádvoří dosud rušné vystupující hmotou velké věže scelilo v jednotný renesanční prostor. Výstavba této lodžie je připisována Janovi z Pernštejna, její druhé patro však bylo stavěno až v tomto období. Dalším důležitým stavebním zásahem byla výstavba nového schodiště při severním křídle, která nyní umožňovala pohodlný vstup do obou poschodí, do nichž se do této doby vstupovalo šnekovým schodištěm hlásky. Velká i hodinová věž byly opatřeny renesančními štíty a průčelí pokryta sgrafity. K těmto úpravám patřila i stavba zděného přechodu na valy, který byl napojen na starší jižní rondel.
Tím, že pardubické panství se stalo majetkem královské komory, přestal být zámek hlavním sídlem majitele a nadále zde bydleli již jenom správní a hospodářští úředníci. Jeho bývalý lesk se začal ztrácet i přes občasné návštěvy panovníků.
Když se v r.1611 císař Rudolf II. zřekl české koruny, bylo mu pardubické panství, společně se zámkem i s dalšími panstvími dáno jako úděl, ale po jeho smrti v r.1612 opět připadlo české královské komoře.
Stavovského odboje proti císaři Ferdinandovi II. v letech 1618-1620 se zúčastnili pouze nejvyšší zámečtí úředníci, přívrženci krále Fridricha Falckého, jemuž pardubický zámek a hrad na Kunětické hoře sloužily jako pevné opěrné body. Obranná funkce kunětickohorského hradu a pardubického zámku byla ověřena v průběhu třicetileté války zvláště pak za švédských útoků v letech 1639, 1644 a 1645. Hradby sice město i zámek uchránily od dobytí, neuchránily je však od zkázy, která byla zvlášť krutá v r.1645, kdy Pardubice dobýval generál Torstenson. Město bylo z velké části zničeno a spáleno a požár ohrozil i zámek.
Po třicetileté válce došlo k obnově panství i zámku, který pak v r.1680 hostil císaře Leopolda I., prchajícího před morem z Prahy. Císař zde 28. června téhož roku podepsal robotní patent.
V r.1723 byl na zámku uvítán císař Karel VI. a v r.1761 jeho dcera císařovna Marie Terezie. V r.1771 pobýval na zámku císař Josef II., který Pardubice navštívil ještě jedou v r.1778, aby osobně zjistil, v jakém stavu je opevnění města i zámku.
Poslední podstatná úprava zámku se prováděla ve 20.letech 18.století, v době vrcholného baroka, kdy F. M. Kaňka začal současně se zámkem v Poděbradech a v Brandýse nad Orlicí upravovat také pardubický zámek.
Podle plánů z r.1726 se stavební úpravy dotkly především velkých síní v obou poschodích severního křídla a nízké budovy při pravé straně předsunutého průčelí. V podstatě šlo o výstavbu příček, kterými se tyto prostor rozdělily na více místností. Sál při pravé straně průjezdu, dnes nazývaný Kaňkův, byl obohacen o dva pilíře, sklenut do placek a jeho klenby byly ozdobeny čtyřmi štukovými reliéfy Práce, Oddanosti, Spořivosti a Spravedlnosti. Obdobně byly také zaklenuty stropy místností, které vznikly ze síní nad hlavním průjezdem. Vnější podoba zámku se značně změnila zrušením starobylých štítů zvenčí i ve dvoře. V této době byl zrušen západní arkýř severního průčelí a rondel u západního nároží jižního křídla byl snížen až ke hlavní římse.
Drobné stavební úpravy byly prováděny i v dalších letech, ty však již podobu zámku podstatně neovlivnily.
Od konce 18. a po celé 19.století význam i vzhled zámku trvale upadly; nějaký čas sloužil jako poslední útulek vojenským penzistům a v 80.letech 18.století byla v jeho části zřízena filiálka a skladiště linecké textilky. K jeho chátrání přispěly i požáry r.1781 v hlásce a v letech 1851 a 1892 v pivovaře.
Ještě v r.1820 navštívil Pardubice císař František I., s manželkou Karolinou Augustou Bavorskou, ale již v r.1856 začala Privátní rakouská banka ve Vídni parcelovat a rozprodávat pardubické panství na umoření státního dluhu. R.1881 koupil již značně zmenšený velkostatek vídeňský průmyslník Richard Drasche z Wartinberka, který r.1920 prodal pardubický zámek muzejnímu spolku v Pardubicích. Ten zde již předtím, r.1892 umístil své rozsáhlé sbírky. Muzejní spolek zakoupil jak zámek v Pardubicích, tak i hrad Kunětickou Horu především proto, že je chtěl zachránit před další zkázou. Čas však ukázal, že to bylo nad síly a finační možnosti jeho členů a že tento náročný úkol může splnit jenom stát.
V r.1953 byl zámek prohlášen za státní kulturní majetek a r.1963 zařazen mezi památky I. kategorie. Péči o něj převzalo Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody Východočeského kraje v Pardubicích. Do dnešního dne byly na jeho záchranu a obnovu vydány miliónové částky, z nichž největší si zatím vyžádalo statické zajištění hlavní budovy zámku. Z ní byli vystěhováni poslední nájemníci a nouzové byty zrušeny. Všechny prostory hlavní budovy budou po skončení opravy sloužit muzejním a kulturním potřebám.
Hospodářské budovy severního nádvoří byly již opraveny a je v nich umístěna Východočeská galérie. Zcela byla renovována budova třetí brány, a i Přihrádek. V r.1964 bylo výnosem ministerstva školství a kultury historické jádro Pardubic společně se zámkem prohlášeno za městskou památkovou rezervaci.
Tomáš Šimek a kol.: Hrady, zámky a tvrze v Čechách, na Moravě a ve Slezku VI. díl - Východní Čechy. Vydalo nakladatelství Svoboda, v Praze 1989.